Το Ελληνικό Μεσογειακό Πανεπιστήμιο / Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας (ΕΛΜΕΠΑ/ΕΛΚΕ) αποτελεί το μεγαλύτερο ίδρυμα τριτοβάθμιας εκπαίδευσης στο νησί, λειτουργεί σε έξι διαφορετικές πανεπιστημιουπόλεις, με περισσότερους από 18.000 φοιτητές, 600 μέλη προσωπικό. Ο καθηγητής Θ. Μανιός, είναι Αντιπρύτανης του ΕΛΜΕΠΑ, υπεύθυνος του τομέα Οικονομικών, Προγραμματισμού και Ανάπτυξης του Ιδρύματος και ηγείται της ομάδας (Εργαστήριο Αξιοποίησης Φυσικών Πόρων & Γεωργικής Μηχανικής – Α.ΦΥ.ΠΟ.ΓΕ.Μ). Το εργαστήριο αποτελείται από δύο μεταδιδακτορικούς ερευνητές, δύο υποψήφιους διδάκτορες / ερευνητές, τρεις ερευνητές και τέσσερις τεχνικούς. Ο Δρ Θ. Μανιός, Γεωπόνος και Χημικός Μηχανικός, έχει συμμετάσχει σε περισσότερα από 25 εθνικά και ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα, κυρίως ως επιστημονικός υπεύθυνος, και έχει συμμετάσχει σε μεγάλο αριθμό μελετών ως ειδικός σύμβουλος. Τα ερευνητικά αντικείμενα του Δρ Μανιού αφορούν τη διαχείριση στερεών αποβλήτων μέσα από τεχνολογίες όπως η κομποστοποίηση, η αναερόβια χώνευση, η ηλιακή ξήρανση και η ενεργειακή αξιοποίηση, καθώς και επεξεργασία, ανάκτηση και επαναχρησιμοποίησης υγρών αποβλήτων, κυρίως για την άρδευση καλλιεργειών.

Η ομάδα καλύπτει ένα ευρύ φάσμα αντικειμένων που περιλαμβάνουν από βασική έρευνα των κύριων μηχανισμών της περιβαλλοντικής τεχνολογίας και της διαχείρισης αποβλήτων που λαμβάνουν χώρα στις μελετώμενες βιοχημικές διεργασίες έως το σχεδιασμό και βελτιστοποίηση βιοδιεργασιών σε βιομηχανική κλίμακα. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται σε βιολογικές διεργασίες για την επεξεργασία και αξιοποίηση διαφόρων τύπων αγροτοκτηνοτροφικών αποβλήτων, γεωργικών και οργανικών υπολειμμάτων με ταυτόχρονη παραγωγή ενέργειας μέσω της παραγωγής αερίων και στερεών βιοκαυσίμων (μεθάνιο κ.ά.). H ανακύκλωση, τα συστήματα διαλογής στην πηγή, η διαχείριση των αποβλήτων, η κομποστοποίηση και η αναερόβια χώνευση είναι οι κύριοι τομείς που η ομάδα έχει μεγάλη εμπειρία, παρέχοντας εργαστηριακές δοκιμές, σχέδια διαχείρισης, τεχνο-οικονομικές αξιολογήσεις και επίβλεψη εγκαταστάσεων.

Η ίδια ομάδα έχει μεγάλη εμπειρία στην υλοποίηση έργων έρευνας και ανάπτυξης τόσο στον ακαδημαϊκό χώρο καθώς επίσης και για βιομηχανικούς εταίρους. Κατά τα τελευταία πέντε χρόνια έχει πραγματοποιήσει έργα με συνολικό προϋπολογισμό πολύ πάνω από 3.000.000€, συμπεριλαμβανομένων τρία έργα Life (PURE και CONDENSE, F4F σε εξέλιξη), δυο προγράμματα Interreg (IMAST και BIOMASS), δυο προγράμματα Αρχιμήδης III (EXISTING και RURAL) και τρία προγράμματα ΕΣΠΑ 2007-2013 (FERTENERGY, HOLISTIC και HYDROPOLIS).